El nombre original de la cabecera fue attesí, que en mazahua significa Lugar Hermoso; posteriormente se denominó Malacatepec, del náhuatl malacatl, que significa maliacate y tépetl que significa cerro; en conjunto Cerro del Malacate.
El nombre actual se le dio en honor a Ignacio Allende, héroe de la época de la Independencia de nuestro país.
El glifo con el que se representa a Villa de Allende incluye las figuras de un cerro y el maliacate, ambos dibujados con la forma y el color original encontrado en el Códice Mendozo, documento del que provienen el nombre y el glifo de casi todos los municipios de nuestra entidad.
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